Finanční prostředky jsou určeny na záchranu nemovitých památek v havarijním technickém stavu, zejména na jejich statické a celkové stavební zajištění, na opravy krovů, střech atd. Do tohoto programu mají být zařazovány akce obnovy, které nelze podporovat z Programů městských památkových rezervací a zón, Programu péče o vesnické památkové rezervace, vesnické a krajinné památkové zóny. Termín pro předložení žádosti je každý rok do konce měsíce ledna a podává se na jedotlivá  odborná pracoviště Národního památkového ústavu s přiložením veškerých povinných příloh, které jsou stanoveny Ministerstvem kultury ČR. Komise havarijního programu těchto pacovišť doporučuje k zařazení akcí obnovy kulturních památek do havarijního programu Ministerstav kultury ČR s návrhem na výši finanční podpory. O poskytnutí příspěvku rozhoduje výlučně Ministerstvo kultury ČR.