Oddělení ekonomiky a provozu sleduje plnění provozního rozpočtu a rozpočtů účelových, tzn. plnění v zakázkách DKRVO (Dlouhodobý koncepční rozvoj výzkumné organizace), NAKI (Program aplikovaného výzkumu a vývoje národní a kulturní identity), ZAV (záchranné archeologické výzkumy) atd. Zajišťuje nákupy služeb a zboží,  inventarizaci majetku a mzdovou a personální oblast. Součástí činnosti je také provoz budovy i vozového parku a správa informačních technologií pracoviště. Oddělení spolupracuje s externí firmou zajišťující agendu bezpečnosti a ochrany zdraví při práci a požární ochrany.  Všechny činnosti probíhají ve spolupráci s generálním ředitelstvím a detašovaným pracovištěm v Ostravě (ekonomické pracoviště NPÚ pro ÚOP).