MUZEUM MODERNÍHO UMĚNÍ slouží expozicím a krátkodobým výstavám výtvarné kultury převážně 20. a 21. století. Desetiletá adaptace jeho objektu probíhala od roku 1991. Od roku 2007 probíhají přípravy na transformaci této části Muzea umění na Středoevropské forum Olomouc.
ARCIDIECÉZNÍ MUZEUM OLOMOUC ve spolupráci s Arcibiskupstvím olomouckým bylo založeno v roce 1998 jako první muzeum v České republice orientované k duchovní kultuře. Jeho součástí se stal románský palác moravských biskupů u baziliky sv. Václava na olomouckém Přemyslovském hradě. Od roku 1999 byla pro potřeby Arcidiecézního muzea rekonstruována severní část národní kulturní památky – někdejšího hradu – objekt kapitulního děkanství a jeho hospodářský dvůr. Areál byl veřejnosti zpřístupněn 1. června 2006.
ARCIDIECÉZNÍ MUZEUM KROMĚŘÍŽ bylo (opět ve spolupráci s Arcibiskupstvím olomouckým) založeno 20. června 2007 jako detašované pracoviště na Arcibiskupském zámku v Kroměříži. Spravuje tamní zámecké sbírky (malířská, kresebná, grafická sbírka, kolekce mincí a medailí, hudební archiv, sbírka mobiliáře a knihovna) v celkovém počtu asi 105 000 exemplářů. Vedle zpřístupněné obrazárny a historických knihoven připravilo Kabinet zahradní kultury, Kabinet hudby I. a Kabinet mincí a medailí I. Kroměřížský zámek byl v roce 1995 společně s oběma historickými zahradami prohlášen národní kulturní památkou a v roce 1998 zapsán na Listinu světového kulturního a přírodního dědictví UNESCO.
