Činnost územního odborného pracoviště je rozdělena mezi kancelář ředitele a dva spolupracující odbory, odbor péče o památkový fond, který se podílí především na výkonu památkové péče na svěřeném fondu, a odbor evidence, dokumentace a informačních systémů, jenž zajišťuje činnost související s poznáváním kulturního dědictví v Karlovarském kraji a shromažďováním a zpřístupňováním informací o něm.