Experti z generálního ředitelství mají na starosti evidenci a dokumentaci památkového fondu na našem území, odborní garanti zajišťují péči o národní kulturní památky a specialisté na jednotlivé segmenty památkové péče metodicky vedou kolegy z územních odborných pracovišť, případně poskytují vysoce specializované služby pro veřejnost nebo další pracovníky a instituce památkové péče (technologická laboratoř, digitalizační centrum atd.).

Pracovníci generálního ředitelství se podílejí na spolupráci České republiky se světovou organizací UNESCO, koordinují spolupráci s Evropskou komisí či reprezentaci památkové péče České republiky na půdě významných světových institucí. Další zodpovídají za péči a zpřístupňování státních památek, které byly NPÚ svěřeny do správy, a prezentaci památek a památkových hodnot veřejnosti.

Generální ředitelství Národního památkového ústavu je strukturováno na:

• vedení NPÚ
• útvary přímo řízené generální ředitelkou
• sekci prvního náměstka generální ředitelky
• sekci památkové péče
• sekci provozně-ekonomickou
• sekci správ památkových objektů v péči NPÚ