Empírový kostel sv. Františka Serafínského z let 1827–1829 nechal zbudovat hrabě Otto z Herbersteinu poblíž loretánské kaple. Na jeho místě původně stála raně barokní kaple, kterou společně s jeníkovskou loretou postavil generál Goltz v letech 1650–1653. Místní slavné soše zvané Madona a Santa Casa je dokonce připisováno zázračné zachránění hraběcího syna. Nad bránou na ohradní zdi kostela je sousoší s tématem Svaté chýše. Unikátní zajímavostí jsou kosterní pozůstatky velryby grónské, jež si generál Goltz přivezl jako válečnou kořist z přístavu Stralsund v Severním moři. Jde o nejstarší dochované pozůstatky velkého kytovce na našem území. V roce 2008 byly při otevření krypty v Loretě archeologicky potvrzeny ostatky pohřbeného generála Martina Maxmiliána Goltze a jeho choti Marie Magdalény včetně jejich zachovaného pohřebního oděvu. 

Kostel byl na konci 20. století ve špatném stavebně-technickém stavu. Potřeboval celkovou údržbu střechy a fasád. Za působení děkana farnosti Františka Skřivánka se podařilo získat dotace od ministerstva kultury, provést většinu nezbytných oprav a navrátit tak kostelu jeho původní reprezentativní vzhled.

„Národní památkový ústav několikrát doporučil ministerstvu kultury pokračovat v poskytování příspěvku z programu záchrany architektonického dědictví na obnovu kostela sv. Františka Serafínského v Golčově Jeníkově. Památkáři také po celou dobu obnovy prováděli odborný dohled,“ konstatuje vedoucí odboru péče o památkový fond územního odborného pracoviště Národního památkového ústavu v Telči Jana Musilová. Práce zahrnovaly opravu střechy s pálenými taškami, opravu omítek tzv. Kaštanky (tedy vnitřních stěn dvorku a ohradních zdí průčelí), opravu brány a restaurování pískovcové sochy Madony a Santa Casa na bráně.

Celková obnova pláště kostela byla dokončena v roce 2015. Při opravě západního průčelí kostela byly především zachráněny a na místě restaurovány i značně poškozené kamenné sochy sv. Františka Xaverského a sv. Aloise. Kostel sv. Františka Serafínského tak opět dotváří reprezentativní podobu slohově rozmanitého poutního areálu v Golčově Jeníkově.

Lorety (Santa Casa – Svatá chýše) jsou hranolovité kopie svatého domku Panny Marie z italského města Loreta. Do Lorety byl podle pověsti dům Panny Marie přenesen přímo ze Svaté země.

O čem vypráví jeníkovská legenda

Roku 1673 držela Jeníkov Barbora Eusebie, hraběnka ze Žďáru. Jejím druhým manželem byl Karel Leopold, hrabě Caretto Millesimo. Millesimové vlastnili rovněž nedaleké haberské panství. Roku 1676 přikoupili ještě Vilémov, kde si začali budovat zámek. Stavební práce vyvolaly mnoho zmatku a chaosu, při němž se ztratil malý Václav Ferdinand, syn hraběte Millesima. V zoufalství se manželé obrátili o pomoc k Panně Marii. Vypravili se rovněž na nejbližší mariánské poutní místo, tedy do jeníkovské lorety, aby se modlili za záchranu dítěte. Po několika dnech lesní dělníci malého hraběte skutečně našli. Dítě bylo v pořádku a šťastným rodičům prý vyprávělo, že ho zachránila krásná paní, která mu dala najíst a vyvedla ho z lesa. Z vděčnosti nechali Millesimové opravit haberský kostel poničený úderem blesku a štědře obdarovali jeníkovskou loretu.