Úsek ředitele
Úsek ředitele zajišťuje plynulý výkon agend souvisejících s řídící funkcí ředitele, pro niž vytváří organizační a administrativní podmínky. Vedle těchto standardních funkcí jsou do úseku začleněny i některé odborné referáty profilového, či naopak specifického charakteru.
Vědecká rada
Vědecká rada je poradní orgán ředitele, který se vyjadřuje k hlavním úkolům NPÚ a k zásadním problémům a dokumentům jednotlivých oborových úseků památkové péče.
Odborný úsek
Odborný úsek zajišťuje všechny odborné statutární činnosti kromě agend přímo řízených ředitelem.
Odbor ochrany, evidence, dokumentace, průzkumů a sledování památkového fondu
Odbor zajišťuje úkoly ústředního evidenčního, dokumentačního a průzkumového pracoviště včetně povinností vyplývajících oboru památkové péče z mezinárodních smluvních závazků, poskytuje informace ostatním útvarům ústavu.
Odbor péče o památkový fond
Odbor zabezpečuje poradenské, posudkové, schvalovací a hodnotící činnosti, jež souvisejí s výkonem odborné péče o movitý i nemovitý památkový fond. Podává stanoviska a zpracovává expertizy pro rozhodování výkonných orgánů památkové péče pro využití, obnovu a restaurování kulturních památek.
Odbor péče o archeologický fond
Odbor vytváří koncepci budování dokumentační a informační základny pro výkon péče o archeologický fond, tj. archeologické nálezy a archeologická naleziště, na podkladě rozvoje a zajištění jednoty vědeckých, metodických a technických hledisek.
Technologická laboratoř
Technologická laboratoř tvoří technologické zázemí pro NPÚ, výkonné orgány a odborné organizace památkové péče, poskytuje součinnost při plnění zákona č. 71/1994 Sb. a při zajišťování podkladů k návrhům na prohlášení věci kulturní památkou či na zrušení tohoto prohlášení.
Provozně ekonomický úsek
Provozně ekonomický úsek zajišťuje ekonomické podmínky pro činnost NPÚ zejména po stránce jeho financování, rozpočetnictví, správy a využití rozpočtových a hmotných prostředků investiční výstavby.