Vznik Národního památkového ústavu, územního odborného pracoviště v hlavním městě Praze souvisí s přijetím zákona č. 22/1958 Sb., o kulturních památkách a zákonem č. 60/1960 Sb., o národních výborech. V roce 1960 bylo konstituováno Středisko památkové péče a ochrany přírody hl. m. Prahy a schválen organizační řád. Roku 1965 byl zřízen samostatný útvar pro archeologické výzkumy. Název organizace byl několikrát změněn (Středisko státní památkové péče a ochrany přírody, Pražské středisko státní památkové péče a ochrany přírody, Pražský ústav státní památkové péče a ochrany přírody, Pražský ústav památkové péče, Státní památkový ústav v hl. m. Praze), v roce 1991 se oddělila ochrana přírody.
Rokem 2000 končí zřizovatelskou funkci Magistrát hl. m. Prahy a zřizovatelem se stává, tak jako u ostatních památkových ústavů, Ministerstvo kultury ČR. Od 1. 1. 2003 dochází ke splynutí všech památkových ústavů v Národní památkový ústav.
Územní odborné pracoviště v hl. m. Praze pracuje v těchto sekcích a odborech:
Kancelář ředitele
Sekce provozně ekonomická. Provozně ekonomický náměstek
Sekce památkové péče. Náměstek pro památkovou péči
Sekretariát
Odbor péče o památkový fond
- Oddělení garantů území I.
- Oddělení garantů území II.
- Oddělení specialistů
- Referát památek s mezinárodním statusem
Odbor evidence, dokumentace a IS
- Referát GIS a MIS
- Referát dokumentace a knihovna
- Oddělení evidence nemovitých a movitých památek
Odbor archeologie
- Oddělení péče o archeologické dědictví
- Oddělení archeologických výzkumů
- Oddělení péče o archeologické nálezy