Národní památkový ústav ve své činnosti nezbytně spolupracuje s řadou subjektů.
Na základě jedné ze svých hlavních činností, kterou je příprava písemných podkladů pro rozhodování orgánů státní správy v oblasti památkové péče podle památkového zákona přímo spolupracuje s úřady (tedy s obcemi s rozšířenou působností, s krajskými úřady nebo s ministerstvem kultury, podle povahy řešené věci), odborní pracovníci se s pracovníky těchto úřadů setkávají na místních šetřeních, kontrolních dnech probíhajících akcí obnovy, na projednávání dokumentace, při konzultacích s vlastníky nebo projektanty. Vzájemně přínosná je další spolupráce na odborných akcích – metodických dnech, seminářích nebo konferencích.
Spolupráce je nezbytná i při projednávání dlouhodobých projektů měst a obcí, při přípravě územně plánovací dokumentace, zejména pro taková sídla, na jejichž území se nachází národní kulturní památka nebo některé památkové území, tedy památková rezervace nebo památková zóna, neméně významné je to ale i pro všechny další obce, na jejichž území se nachází kulturní památka nebo jakékoli památkové ochranné pásmo.
Spolupráce s kraji
Spolupráce s kraji odpovídá územní struktuře NPÚ. V každém kraji České republiky působí příslušné územní odborné pracoviště NPÚ (ÚOP NPÚ) většinou přímo ve městě totožné se sídlem kraje. V několik případech, kde to bylo účelné, leží sídlo ÚOP NPÚ v jiném městě – je tomu tam, kde byla za sídlo zvolena pro kraj významná městská památková rezervace, aby byly pro vlastníky objektů v rezervaci dostupnější konzultační příležitosti (je tomu tak pro kraj Karlovarský – sídlem ÚOP je Loket, pro kraj Královéhradecký – sídlem je Josefov u Jaroměře, pro kraj Vysočina – sídlem je Telč a pro kraj Zlínský – sídlem je Kroměříž).
Intenzita spolupráce s krajem – zpravidla jeho krajským úřadem – není všude stejná, záleží vždy na prioritách řešených na úrovni kraje. Pravidlem je spolupráce v oblasti rozdělování finančních příspěvků na obnovu kulturních památek, až již formou konzultační nebo účastí pracovníků NPÚ v komisích kraje. NPÚ participuje na obsahu řady akcí, pořádaných kraji, ať již přímo nebo zapojením některých pracovníků NPÚ do přípravy programu nebo souvisejících materiálů.
Vedoucí pracovníci NPÚ – ÚOP jsou často zváni na porady, které pořádají krajské úřady pro úředníky vykonávající státní památkovou péči na obcích s rozšířenou působností, aby společně projednávali některá aktuální témata.
Spolupráce s vysokými školami
Národní památkový ústav spolupracuje s vysokými školami. Nejčastější je přímá participace odborných pracovníků NPÚ ve vzdělávacích programech jednotlivých vysokých škol s obory týkajícími se témat památkové péče, obdobně četní přední pedagogové vysokých škol přednášejí jak ve vzdělávacích kursech památkové péče organizovaných NPÚ, nebo se účastní odborných akcích, které NPÚ pořádá. Běžná je přímá společná organizace těchto akcí.